Kampen om jorden är över, men kampen om universum har precis börjat. Efter att ha återvänt till Cybertron tar Starscream befälet över Decepticons och beslutar sig för att återvända till jorden. När Autobots tror att allt är över får de reda på att Megatrons livlösa kropp har blivit stulen från den amerikanska militären. Med en hämndlysten Megatron tillbaka på banan samlar Optimus Prime ihop sina styrkor igen.